Согласно историческому преданию, храм Михаила Архангела в Самаре был заложен после приезда в город в 1902 году Иоанна Кронштадтского, который освятил место под церковь. Согласно легенде он произнес слова, которые расценили как пророческие: «Будет на этом месте храм благодатный».
Основной предпосылкой для строительства храма стало отсутствие у жителей поселка Новый Оренбург (современное название «Поселок Шмидта») возможности отправления культа. Прихожане были вынуждены посещать ближайшую городскую церковь – Петропавловскую, ввиду территориальной удаленности это было затруднительно.
На собранные «всем миром» средства был построен небольшой молельный дом, но маленькое здание, конечно, не могло решить насущную проблему, которая оставалось чрезвычайно актуальной вплоть до 1908 года, когда самарский купец Василий Михайлович Сурошников приобрёл участок земли возле главной площади посёлка для строительства молельного дома. Новое здание, вместимостью до 500 человек, открытое 15 января 1909 года было освящён во имя Архангела Михаила.
Однако и эта, в сущности, небольшая деревянная церковь не могла вместить всех прихожан, в особенности во время больших церковных праздников. На пожертвования известных самарских меценатов Василия Фёдоровича Пустошкина и Екатерины Ивановны Ивановой был выстроен новый кирпичный храм, торжественные мероприятия по освящению которого прошли с 13 по 15 ноября 1915 года. Это была последняя церковь, построенная в Самаре и её окрестностях до революции.
17 сентября 1929 года по решению Президиума Самарского Горсовета церковь Рождества Пресвятой Богородицы была закрыта и передана ГорОНО для использования под школу. В последующий период, продлившийся до 1991 года, здание церкви принадлежало разным организациям, таким как клуб железнодорожников, эвакогоспиталь, эпидемиологическая больница дорсанотдела. В разные годы в бывшем храме располагались спортивный зал и кооператив по изготовлению памятников, пока 7 марта 1991 года не было принято решение о передаче «в безвозмездное пользование здание бывшей церкви религиозному обществу Русской православной церкви в посёлке Шмидта города Самары…».
Первая служба после открытия состоялась на Рождество Христово: 6-7 января 1992 года. 19 сентября 1992 года храм был вновь освящён архиепископом Самарским и Сызранским Евсевием в честь Архистратига Михаила.
С 1993 года по настоящее время идет реконструкция храма. В 2007 г. были установлены последние купола. Затем было обновлено внутреннее убранство храма. В 2013 году повешен колокол весом 9 тонн.