У самарской кирхи непростая судьба. Ее строительство было профинансировано купцом Егором Никитичем Аннаевым, католиком по вероисповеданию. К 1863 году возведение здания, планировавшего как римско-католический приход, было практически завершено, но Польское восстание, вспыхнувшее в том же году, породило сильную волну негатива к католической церкви.
С согласия Аннаева и католической общины здание церкви было передано самарским лютеранам, община которых была создана в 1854 году самарским губернатором Константином Карловичем Гротом. Здание кирхи достроили на пожертвования жителей Самары и средства из лютеранской кассы взаимопомощи.
Кирха стала духовным центром Самарских немцев, при котором действовали детский сад и школа для детей из немецких семей. После сильного пожара, случившегося в 1875 году пострадавшее здание было восстановлено, в том числе к нему пристроили два флигеля, в которых разместились пасторат, квартира пастора и дом общины. Несмотря на события Октябрьской Революции 1917 года кирха продолжала работать до января 1930-го.
В новое время Евангелическо-лютеранская община в Самаре была создана 19 августа 1991 года, а 6 сентября 1991 года по решению самарского горисполкома лютеранской общине был передан комплекс зданий кирхи. Первое богослужение было произведено 21 декабря того же года. Первые богослужения 2 раза в месяц проводили приглашенные священники, а в 1997 году Евангелическая Церковь земли Вюртемберг (Германия) направила в Самару постоянных пасторов.
Примечательно, что с июня 2003 года в Самарской кирхе работает механический орган.
